Az Enterprise utasai hazafelé tartanak, a Khannal való összecsapás után. A gyakorlótisztek többsége új megbizatást kap. A dokkba visszatérő Enterprise legénysége megcsodálja a flotta új hajóját, a USS Excelsiort, amely nagyobb és gyorsabb is az Enterprise-nál.

Mielőtt azonban lepihenhetne a legénység, valaki belép Spock lezárt szobájába; annak ellenére, hogy a kapitány parancsba adta: egykori elsőtisztje kabinjába tilos a bemenet. Kirk a helyszínre siet, ahol valaki Spock hangján megkérdezi tőle, miért hagyta testét a Genezis bolygón. A kérdező nem más, mint az ideösszeroppanás határán álló McCoy doktor.

Röviddel ezután Morrow admirális bejelenti, hogy az Enterprise-t nem fogják felújítani, hanem leszerelik. A legénységnek megtiltja, hogy a Genezis programról bárkivel beszéljenek; Scottyt az Excelsior főmérnökévé nevezik ki, a többieket szabadságra küldik.

A klingon Kruge kapitány megszerzi a Genezis szonda adatait és álcázható hajójával a bolygóhoz repül, hogy megtudja, felhasználható-e a Genezis fegyvernek. A USS Grissom, fedélzetén Saavik tudományos tiszttel és a Genezis specialistájával, David Marcusszal szintén a Genezis felé tart. Nem várt életjeleket fognak a bolygóról, Spock koporsójának közeléből.

A Földön Kirk és társai a kapitány otthonában pihennek, amikor megérkezik Sarek nagykövet, Spock apja. Sarek agy-egyre lép Kirkkel, hogy megtudja hol van Spock katrája, a "szelleme". A vulkáni férfi elmondja, hogy a halál közeledtekor népük képes másnak "átadni" a katráját. Amikor Kirk ellenőrzi a hajónalót, rájön, hogy Spock McCoy doktorral lépett halála előtt agy-egyre. Sarek szerint McCoyt Vulkánra kell vinni, hogy ott egyesíthessék szellemét a testével.

Saavik hadnagy és David Marcus a Genezis felszínére megy, ahol egy hatalmas élőlényre bukkannak. A lény valószínűleg a Genezis torpedó hatására fejlődött ki a koporsón lévő mikrobákból - Spock testének nyoma veszett.

Kirk megpróbálja meggyőzni admirálisát, hogy engedje őket vissza a Genezisre, de az nem hisz Sarek elgondolásában. McCoy doktort ezalatt letartóztatják, mert egy bárban nagy hangon vitázni kezd egy kapitánnyal, aki nem akarja a Genezisre vinni. Sulu segítségével Kirk később kiszabdítja McCoyt és Uhurának köszönhetően a már készelétben álló Enterprise-ra tudnak transzportálni. Mivel Scotty minden idejét az Excelsior szabotálásval töltötte, nem okoz neghézséget megszökniük a dokkból.

A Genezisen Saavik és David Marcus több életformát észlel, végül gyereksírásra lesznek figyelmesek és rátalálnak egy vulkáni kisfiúra. Felveszik a kapcsolatot a hajóval, hogy elmondják, Spock valószínűleg a Genezis hatására támadt fel. A Grissom meggpróbálja értesíteni a flottát, de valaki zavarja az adást. Ebben a pillanatban fedi fel magát Kruge hajója és megtámadja a csillaghajót. Az apró, kizárólag tudományos küldetésekre felkészült hakót egyetlen lövéssel megsemmisítik a klingonok; Saavik, David és a kis Spock egyedül marad a felszínen. David elmondja Saaviknak, hogy a bolygó azért fejlődhet ilyen sebességgel, mert annak idején változásokat eszközölt a Genezisen. A gyorsan növő Spocknak nemcsak a klingonoktól kell félnie, hanem a hétévenként jelentkező pon farrtól is, a vulkániak párosodási rituáléjától...

Az Enterprise megérkezik a Genezishez; az álcázott klingon hajó egyelőre nem nyithat tüzet rájuk. Az álcázóberendezés ellenére Sulu észreveszi a klingonokat és tüzet nyit rájuk, mielőtt azok támadhatnának. Kruge feltranszportál a fedélzetre és irányítása alatt a klingonok megsemmisítik Scotty gépeinek nagy részét. Miután a felszínen maradt klingonok egyike megöli Kirk fiát, Davidet; Kruge megadásra szólítja fel az Enterprise legénységét. Kirk elindítja a hajó önmegsemmisítő rendszerét és embereivel a Genezisre transzportál - épp abban a pillanatban, amikor Kruge harcosai a csillaghajóra érkeznek. Az Enterprise elpusztul és vele együtt a fedélzetén lévő klingonok is.

A felszínről Kirk üzletet köt Krugéval, ha felveszi hajójára társait, akkor felfedi előtte a Genezis titkát. Kirk és a klingon verkedni kezd a bolygón, a kapitány lelöki Krugét egy szikláról, majd maga is a klingon hajóra megy. Az utolsó klingon a foglyuk lesz, a hajó elindul Vulkán felé.

Sarek és Uhura köszönti Kirkéket, akik a mostanra már felnőtt Spock testét hozzák. A vulkáni főpapnő végrehajtja a bonyolult ceremóniát, amely során Spock katráját visszahelyezi a vulkániba Dr McCoyból. Kirk és társai amnesztiát kérnek Sarektől, Spock pedig újrakezdi tanulmányait.