Adama parancsnok jól láthatóan összetört, csend uralkodik a Battlestar Galactica fedélzetén. Megkezdik az ugrás előkészületeit. Kara Thrace hadnagy szinte teljesen tönkretette a Vipert, amivel repült. Megtudja, hogy Apollo és Sharon halott…

Sharon egy túlélő fiúval beszélget a Raptoron (Ő az a fiú, aki az Űrállomáson megölt tiszt fényképén volt). Gaius mindenütt Sixt látja, rajta kívül azonban más nem látja.

A Galactica sikeresen elugrik a Ragnar állomáshoz.

A Colonial One-on kezdenek magukhoz térni az emberek, a hajó ép és senki nem halt meg, a rendszerek is működnek. Kiderül, hogy Apollo századosnak köszönhetik, hogy életben vannak. A hiperhajtóművel babrált, ami hatástalanította a robbanófejeket és nukleáris robbanásnak nézett ki. Elkezdik ők is a készületeket, hogy mihamarabb ugorhassanak, mielőtt még a Cylonok rájönnének az átverésre.

A Galacticán mindenki letört, gyászos a hangulat, hullazsákok mindenütt. Hamarosan megérkeznek Ragnarra. Starbuck a halottak lelkéért, főleg Lee Adamaéért imádkozik. Sikeresen dokkolnak. Elkezdik a fegyverek átpakolását, amikor egy embert találnak, aki láthatóan nagyon beteg, és aki fegyvert fog rájuk.

Boomer a Raptorral megérkezik a Coloniel One fedélzetére. Az Elnök szeretne Dr. Baltarral beszélni. Azt szeretné, ha Gaius lenne a tudományos főkonzultánsa és elemzője a Cylonokkal és a technológiájukkal kapcsolatban. Boomerre bízza, hogy a Raptor segítségével gyűjtsön össze annyi túlélőt, amennyit csak lehet.

Ragnaron kiderül, hogy a férfi, Leoben egy fegyverkereskedő. Nagy nehezen leteszi a fegyverét.

Gaius megpróbál nem tudomást venni Sixről, de nem megy neki. Azzal próbálja megmagyarázni a férfinak, hogy csak ő látja, hogy egy chipet ültettek a fejébe. Six állítása szerint azért is maradt a férfival, mert szereti őt.

Ragnaron Tyrol főnök vezetésével pakolnak a Galactica fedélzetére. Az állomáson megjelenik Adama parancsnok is. Leoben és Adama egy újabb termet nyit fel, azonban egy robbanófej elszabadul, és felrobban. A parancsnokék elszakadnak a többiektől, ketten maradnak. Megtiltja, hogy kiszabadítsák őket, inkább a muníciót pakolják. Ketten elindulnak, hogy keressenek egy másik kijáratot.

A Botanical Cruiser hajó fedélzetén az Elnök a túlélőkről kérdez. Roslin egy kislánnyal beszélget, akinek meghaltak a szülei, de a lány ezt még nem tudja felfogni. Lee viszi a híreket az Elnökasszonynak, aki láthatóan teljesen magába roskadt. Boomer segítségével egyre több eltévelyedett hajót találnak, a Flotta szépen gyarapszik. Egy Cylon hajó megjelenik, és elugrik, mielőtt tehetnének valamit. Az Elnök utasítja a Flottát, hogy ugorjon Ragnarra. Bevallja Billynek, hogy rákja van, de a fiú már tudta.

A flotta megkezdi az ugrást, de nem minden hajó képes az ugrásra, a kislány is ott marad… Meg is jelennek a Cylonok, az ottmaradt hajóknak végük.

Leoben és Adama a kijáratot keresi. A fegyverkereskedő egyre rosszabbul van. - Mi maga? Egy fegyverkereskedő filozófus? - Az emberi természet megfigyelője. Végülis ha jól megnézzük, az ember nem egy szép faj. Úgy értem egy lépésre vagyunk attól, hogy vademberek módjára botokkal verjük egymást egy cafat húsért. Talán a Cylonok Isten büntetése a sok bűnünk miatt. Mi van, ha Isten úgy döntött, hibát követett el, és lelket adott egy másik lénynek, mint például a Cylonok? - Nem az Isten teremtette a Cylonokat. Az ember. És mi biztosan nem raktunk lelket a programozásba.

A Flotta csatlakozik a Battlestar Galacticához a Ragnar kikötőben. A Kolóniák Elnöke átszáll a Galactica fedélzetére. Tigh ezredes visszautasítja Roslin azon kérését, hogy a menekültekkel foglalkozzanak. Nem hajlandó ugyanis elfogadni azt a tényt, hogy a háborúnak vége. Apollo kérésére végül ad nekik két mentőkabint, de csak mert az öreg fia.

Apollo mostantól a vezető pilóta, a CAG. Tyrol találkozik Boomerrel, akiről már azt hitte, hogy halott. Gaius és Billy pedig találkozik Duallaval, miközben a CIC-t keresik, a lány megcsókolja a fiút. Apollo Starbuckot keresi meg, a lány nem hisz a szemének.

Leoben egyre rosszabbul van. Adama és az ő beszélgetéséből kiderül, hogy mindketten tudják, a férfi Cylon. A vihartól a szilícium kapcsolatok az agyában szétbomlanak. Adama a halálát akarja, de a Cylon nem tud meghalni. „Ha ez a test meghal, a tudatom áthelyeződik egy másikba. És ha ez megtörténik, elmondom a többieknek, pontosan hol találják magát és akkor ide fognak jönni, megölik magukat mind, és én végig fogom nézni az egészet.” Még a halála előtt megpróbálja megölni Adamat, de nem sikerül neki, s ő hal meg.

Gaius elmondja Gaeta hadnagynak, hogy a Cylonok az ő navigációs programjának a segítségével bénították meg a hajókat. A Galacticán nem lehet ebből gond, mivel a számítógépek nincsenek hálózatba kötve. Gaius megjátssza, mintha bűntudata lenne. Six egy közös jövőt emleget Baltarnak. Megpróbál segíteni a férfinak. Megmutat egy Cylon szerkezetet a hajón, ami korábban a nőnél is volt. És mivel nem Six tette azt oda, legalább még egy Cylonnak kell lennie a hajón. Gaius figyelmeztetni akarja az embereket, de nem tudja, hogy tehetné ezt úgy, hogy ne terelődjön rá a gyanú. Egy bűnbakot kell találnia, akire rábizonyíthatja, hogy Cylon ügynök. Aaron Doralra esik a pillantása.

A Cylon testét a Galacticára viszik. A parancsnok megtudja, hogy a fia életben van. Hosszú évek óta először öleli át.

Gaius, Tigh ezredes és Adama parancsnok a Cylon Leobenről beszélnek. Leobenben elsőre minden emberinek tűnt. A hamvasztás alatt vett szövetmintákból azonban kiderült, hogy a minták mesterséges eredetűek. Valahogy ki kell szűrniük a Cylonokot. Adama Dr. Baltart kéri fel, hogy keressen erre módszert.

Karanak küldetést ad Apollo. A viharon kívül kell mennie, meghallgatnia a kommunikációt, megnézni van e bármi nyoma is Cylonoknak. Elmondja Leenek, hogy Zak megbukott volna az első repülőóráján, de ő átengedte, mert volt köztük valami. Így Zak halála valamennyire az ő hibája is.

Aaron Doralt elfogják. Gaius vádolta meg azzal, hogy ő egy Cylon. Doral folyamatosan azt hangoztatja, hogy ő ember, nem pedig egy gép. Gaius bizonyítékokat hoz fel ellene: szintetikus kémiai anyagok találhatók a testében. És elmondja Tighnek, hogy valamit babrált a CIC-en.

A szerkezetet, amiről senki se tud semmit, leszerelik. Az egész hajót átkutatják hasonló szerkezetek után.

Starbuck a viharon túl több Cylon hajót vesz észre.

Adama parancsnok Roslin elnökasszonnyal beszél. Adama folytatni akarja a harcot, Laura Roslin pedig inkább menekülni akar. Ragnaron akarja hagyni a menekülteket, ő pedig meg akarja keresni a Cylonokat. „Őszinte leszek. A jelek szerint az emberi fajt a kipusztulás fenyegeti. 50.000 emberünk maradt, és ennyi. Ha most ezt, mint faj, túl akarjuk élni, el kell tűnjünk innen, és gyerekeket kell szülnünk.” A parancsnok otthagyja az Elnököt…

Starbuck jelenti a Battlestar Galacticának, hogy mit látott. Adamanak elege van. „Nem fogom az ő játékukat játszani. Nem fogok oda kimenni és megküzdeni.” Elkezdenek a terven dolgozni, hogy tudnának megmenekülni a Cylonoktól. „…a civileket magunkkal visszük. Elhagyjuk ezt a naprendszert, és nem nézünk vissza. Ennek a háborúnak vége. Vesztettünk.” Doralt kiteszik a Ragnarra egyedül.

A Galactica elindul a Cylonok felé, a távolból követi az egész Flotta. Amint kiérnek, meg is kezdődik a támadás, Cylon Raiderek közelednek a Battlestar felé. Zárótüzzel próbálják lelőni őket. Kiküldik a Vipereket is, hogy tisztítsák meg a terepet. Több pilóta elesik a harcban. A civil hajók elkezdik az ugrást, amint kiértek a viharból. A Galacticát találat éri. Apollot is eltalálják. A Cylonok a leszállófedélzetet támadják. Miután elugrott a Flotta, visszahívják a vadászokat. Starbuck egy ügyes manőverrel megmenti Apollot. Végül a Galatica is elugrik.

A Galactica fedélzetén a halottakért imádkoznak. „Nehéz szívvel emeljük fel testüket hozzátok, ó, Kobol Urai, annak tudatában, hogy megszabadulnak szenvedéseiktől és örök életet adtok nekik. Azért is fohászkodunk, hogy nézzetek most le ránk irgalommal és szeretettel, mint ahogy ősapáinkra is, sok-sok évvel ezelőtt. Ahogy kivezettetek bennünket Kobolról, és megalapították a Tizenkét Kolóniát. Mi most reméljük és imádkozunk azért, hogy elvezettek bennünket egy új hazába, ahol újrakezdhetjük életünket.” A tömeg viszont csendes, Adama parancsnok próbálja őket felrázni. „Ők a szerencsések? Erre gondoltak, igaz? Messze vagyunk az otthontól. Messze túlugrottunk a Vörös Vonalon, a feltérképezetlen űrbe. Korlátozott ellátmány. Korlátozott üzemanyag. Szövetségesek nélkül. És most már reményünk sincs! Talán jobb lett volna, ha mind meghalunk gyorsan a Kolóniákon a családunkkal ahelyett, hogy itt haljunk meg lassan a sötét űr ürességében. Hová menjünk? Mihez kezdjünk? Az élet odakint kezdődött. Ezek a szent tekercsek első szavai. Kobol Urai mondták ezeket nekünk sok-sok évszázaddal ezelőtt. Nyilvánvalóvá tették, hogy nem vagyunk egyedül az Univerzumban. Az emberiségnek van egy 13. Kolóniája is… a Föld… Én tudom hol van! A Föld, a legféltettebb titkunk. Helyét csak a legmagasabb rangú flottatisztek ismerték és nem hozták nyilvánosságra. Nem, amíg a Cylon fenyegetés él. Így most van egy menedék, ahová mehetünk, egy menedék, amiről a Cylonok nem tudnak! Nem lesz könnyű ez az út. Hosszú lesz és nehéz. De egyet megígérhetek. Azok emlékére, akik előttünk fekszenek. Meg fogjuk találni. És a Föld lesz az új otthonunk.” Az emberek végre lelkesek, hisz van remény.

Tigh ezredes bocsánatot akar kérni Thrace hadnagytól, de ő azt nem fogadja el. Gyengének tartja, mert alkoholista. Laura Roslin felkeresi a parancsnokot, aki bevallja neki, hogy hazudott. Nem tud semmit a Földről, csak az embereknek akart hitet adni. De ez kettejük titka marad. A parancsnok elfogadja viszont a civil kormány működését.

Gaiusról kiderül, hogy nem áll senki oldalán. Csak a saját, egyéni érdekei képviselik. Tigh kidobja az üvegeit. Lassan kezd visszaállni az élet a rendes kerékvágásba. Lee végre megbocsát az apjának.

Adama egy papírt talál az asztalán. „Csak 12 Cylon modell létezik.”

Eközben Ragnarra Cylonok érkeznek. Doral már beteg, amikor megérkeznek a társai, kiderül, hogy tényleg Cylon. Több példány érkezik: Leoben, Six, Doral… és Boomer.

Elindulnak a menekülők után…