Amikor a U.S.S. Voyager NCC-74656 a Delta Kvadránsban ragadt, Kathryn Janeway kapitánynak mindent át kellett értékelnie, amit a Csillagflotta Akadémián tanult és munkája során tapasztalt. Például, amennyiben csupán egyetlen Föderációs csillaghajó tartózkodik a Galaxis ezen sarkában, akkor hogyan vonatkozhatnak rá ugyanazok a szabályok? Janeway azon veszi észre magát, hogy kapitányként nem biztos a talaj a lába alatt, legénységének fele korábbi Maquis-féle ellenség és új pilótája ideiglenesen van szabadlábon.

Janeway először arra koncentrálja erőfeszítéseit, hogy Chakotayt és Maquis legénységét kordában, a hajót pedig egy darabban tartsa. 2372-ben Janeway és Chakotay még mindig szemben állnak egymással addig, míg meg nem betegednek és úgy tűnik, hogy életük végéig együtt fognak élni a Delta Kvadráns egy bolygóján. Ekkor kapcsolatuk megváltozik és kötödés alakul ki köztük. Bár végül meggyógyítják őket, egy csapat maradnak a hajóra visszatérésük után is.

Amint lenyugodnak a kedélyek a Voyageren, Janeway rájön, hogy sokkal jobban egyedül lesz, mint bárki más és levezetésként holo-románc regényekre és a holografikus Leonardo da Vincivel folytatott beszélgetésekre kezd támaszkodni. 2376-ban Janeway találkozik egy Michael Sullivan nevű holofedélzeti karakterrel és néhány személyes kudarc után rájön, hogy kész áll egy románcra, mely első lesz hosszú utazásuk megkezdése óta. Talán nem véletlen, hogy ez az affér azután jön létre, hogy kapcsolatba léptek az Alfa Kvadránssal és Janeway megtudja, hogy vőlegénye, Mark, megházasodott.

Útjuk során Janewaynek meg kell védelmeznie a Csillagflotta protokolljait de nemcsak a korábbi Maquis-któl, hanem még Csillagflottás legénységétől is, akik úgy látják, hogy ezek a szabályok gátló tényezőként szolgálnak a haladásuk útjában. Janewaynek újra rá kell döbbennie döntéseinek és saját értékeihez való ragaszkodásának helyességére amikor a USS Equinox-szal való találkozásuk 2375-ben ismét rávilágít a jó és rossz döntések közötti különbségre.

Janeway katonai érdemei közül megemlíthetjük, hogy sikerült elkerülnie a Borg asszimilációt, túlélte a 8472-es fajt, a Kazonokat, a Vaadwaurokat, a Quarranokat éa még sokakat. Számára azonban sokkal fontosabb az, hogy otthont adott az ex-Borg Hétkilencednek (Seven of Nine), lehetőséget adott a fejlődésre az EMH-nek, párbeszédbe kezdett a 8472-es fajjal, barátságot kötött a Talaxiaiakkal, megmentette az Éjlényeket (Night Beings) a Malonok toxikus szemetétől és lehetősége volt jelenteni Paris admirálisnak, hogy fia, Tom Paris életben van és a legénység megbecsült tagja.