Az űrcsaták és a látványos technika mögött a Trekben mindig is valami több húzódott meg: az emberi természet felfedezésére irányuló törekvés. A Trek a valós világ és a jelen témáit is feldolgozta a sci-fi eszközeivel, és a jelenkori valóság elé tartott tükröt. Negyvenéves története során születtek allegorikus történetek a rasszizmusról, a homofóbiáról és a xenofóbiáról, a kábítószerrel való visszaélésről, az AIDS-esekkel szembeni előítéletről és a modern orvosi rendszerek adminisztratív hibáiról, továbbá – többek között – a klónozás és a génmanipuláció lehetőségei és veszélyei is terítékre kerültek. Összefoglalva: a Star Trek intelligens science fiction, amelynek a látványos kalandokon túl mondanivalója is van.